云南省有色地质局三一三队下设8个科室及部门，机关科室主要包括：综合办、安技科（总工办）、人事科（离退办）、财务科。

二级生产部门主要包括：

（一）地质调查院，主要履行保障矿产资源安全职责，负责地质找矿、矿产勘查等工作；

（二）地质工程院，主要履行地质灾害防治职责，负责地质灾害防治、地质灾害危险性评估、地质灾害应急调查等工作；

（三）生态环境院（测绘地理信息院），主要履行服务生态文明建设职责，开展生态文明建设项目等工作，并负责测绘地理信息工作；

（四）云南玉溪方业勘测工程有限责任公司（简称“方业公司”），主要提供钻探工作、水工环工作、岩土工程勘察及施工工作、水文凿井等工作。

成立70多年以来，积累了大量详实的地质矿产资料，沉淀了丰富的地质找矿文化，堪称云南省玉溪地区的找矿“活地图”，是一支集地质找矿、矿产勘查、地质钻探、测绘工程、地质灾害防治、岩土工程勘察、水文地质调查、工程地质调查、环境地质调查、矿产资源规划及相关业务、矿山地质环境调查及修复治理等专业于一体的综合性地质勘查队伍，具有悠久历史和丰硕成果，为地方经济建设作出了重要贡献。